Brzy

Separace fragmentů DNA: gelová elektroforéza


Jak jsme viděli v předchozí položce, fragmenty DNA vytvořené působením restrikčních enzymů mají různé velikosti. Nejčastěji používanou technikou pro separaci fragmentů DNA je elektroforéza pomocí agarózových gelů.

Agaróza je polysacharid (jako je agar a pektin), který se rozpustí ve vroucí vodě a poté geluje, když se ochladí jako želatina. Pro provedení elektroforézy se připraví agarózový gel, DNA se zavede do malých gelových jamek a potom se gelem přivede elektrický proud. Jako DNA je negativně nabitá, je přitahována pozitivní elektrodou. K dosažení pozitivní elektrody však musí DNA migrovat agarózovým gelem.

Menší fragmenty DNA mohou migrovat agarózovým gelem rychleji než větší fragmenty DNA. Rychlost migrace lineárních fragmentů DNA agarózou je nepřímo úměrná log10 jejich molekulových hmotností.

Přesnou velikost daného fragmentu můžete vypočítat na základě jeho migračního poměru. Po gelové elektroforéze jsou fragmenty DNA obvykle obarveny ethidiumbromidem, který má afinitu k DNA a fluoreskuje (stává se viditelným) živě v kontaktu s ultrafialovým světlem. Tímto způsobem můžete najít pásy, které odpovídají DNA. Fragmenty DNA mohou být poté izolovány a purifikovány z agarózových gelů.

Co teď? Co děláte s těmito fragmenty DNA?